4个月时间马中骐就完成了毕业论文写作，1982年2月6日马中骐在高能所的一间教室里作了论文答辩，答辩委员会阵容豪华，由7位物理学界的顶级专家组成，主席是"两弹一星"元勋彭桓武还有胡宁、朱洪元、戴元本、谷超豪等

1982年2月6日马中骐在高能所举行的博士论文答辩会会场

毕业后，马中骐留在高能所工作，始终从事理论物理研究，重点在群论方法及其物理应用，一直到2005年退休，他在1991年获评"做出突出贡献的中国博士学位获得者"，1992年10月起享受政府特殊津贴，先后三次获得中科院科技进步二等奖

2004年马中骐在清华大学杨振宁先生家讨论理论物理问题

马中骐说他的工作像"小砖头"，"大水来的时候，泥沙都被冲走了，但'小砖头'能留下来"。

网友也纷纷对马中骐的离开表示哀悼，"音容虽逝，风范长存""一号博士见证了中国高等教育的发展"